Gegründet vom Kölner Papierfabrikant und Instrumentensammler Wilhelm Heyer. Bereits 1902 besaß er eine Sammlung von Blasinstrumenten. 1905 erwarb er dazu die Sammlung Paul de Wit in Leipzig. Gleichzeitig wurde die Sammlung von Tasteninstrumenten der Barmer Klavierfirma Rud. Ibach gekauft. Weiterer Ankauf von Autographen und Instrumenten bei Versteigerungen. Diese Sammlung beabsichtigte Heyer in ein Museum unterzubringen (siehe Ventzke 1987).
1906 Errichtung des von Carl Moritz konzipierten Gebäudes des Musikhistorischen Museums in Köln (siehe Ventzke 1987).
1906 Anstellung des Geigers und Musikwissenschaftlers Ernst Praetorius (1880–1946) als Kurator der Sammlung, der 1909 als Korrepetitor und Kapellmeister ans Kölner Opernhaus wechselt (Nachfolger wird 1909 Georg Kinsky).
1908 Ankauf der "Collezione Etnografico-musicale" des Barons Alessandro Kraus, Florenz.
1909 wurde Georg Kinsky als wissenschaftlicher Betreuer der Sammlung angestellt.
1910 Bestandskatalog Band 1 "Tasteninstrumente" erscheint.
1912 Bestandskatalog Band 2 "Zupf- und Streichinstrumente" erscheint.
20.03.1913 stirbt Wilhelm Heyer überraschend infolge einer Lungenentzündung. Eröffnung des Museums im neben der Villa Heyer errichteten Gebäude nach Plänen von Carl Moritz mit einer Sammlungsfläche von rund 1.000 qm, zuzüglich Restaurierungswerkstätten, Büros und Depotfläche.
Nach dem Tod Heyers wurde der Museumsbestand nicht mehr vergrößert (siehe Ventzke 1987).
1913 Gesamtbestand im "Kleinen Katalog" (Kinsky 1913) verzeichnet. Der geplante Bestandskatalog Band 3, Blas- und Schlaginstrumente, außereuropäische Instrumente, wird zurückgestellt. Die Typoskriptfassung mit eigenhändigen Korrekturen Kinskys schenkt dessen Frau nach 1951 Dr. Josef Zimmermann, Düren.
Das Museum umfasst rund 2.600 Musikinstrumente, 1.700 Musikautographen von über 700 Komponisten (darunter der kompositorische Nachlass Niccoló Paganinis), etwa 22.000 Musikerbriefe inkl. Urkunden und anderen Schriftstücken, ca. 3.700 Bildnisse und ikonographische Darstellungen, ferner Büsten, Reliquien u.ä. berühmter Musiker sowie eine umfangreiche Fachbibliothek von etwa 2.800 Titeln des 17. bis 20. Jahrhunderts.
1916 Bestandskatalog Band 4 "Musik-Autographen" erscheint.
1924 beabsichtigten Heyers Erben aufgrund der hohen Betriebskosten die Sammlung zu verkaufen. Fritz Heyer wendet sich an Kölns Oberbürgermeister Konrad Adenauer und bietet der Stadt Köln das Musikhistorische Museum zum Kauf an (siehe Ventzke 1987).
1926 scheitern die Preis-Verhandlungen der Heyer-Erben mit der Stadt Köln. Nach einem Hirnschlag von Heyers Witwe Laura verkaufen deren Kinder die Musikinstrumentensammlung der Universität Leipzig für 800.000 RM. Henri Hinrichsen, Inhaber der Edition Peters, stiftet dafür 200.000 RM, der Sächsische Staat kommt für 600.000 RM auf. Auf ausdrücklichen Wunsch der Universität Leipzig siedelt mit der Musikinstrumentensammlung auch deren Restaurator Otto Marx mit nach Leipzig über.
1926–1928 versteigern Leo Liepmannssohn und Karl Ernst Henrici in Berlin in vier Auktionen die Heyersche Autographensammlung.
Große Teile der Dienstbibliothek überlassen die Heyer-Erben weiterhin Georg Kinsky für seine freiberufliche Tätigkeit.
Am 30 Mai 1929 wurde die Heyersche Sammlung als „Musikwissenschaftliches Instrumenten-Museum der Universität Leipzig“ im neuen Grassi-Museum in Leipzig eröffnet. Als Restaurator der Sammlung wurde Otto Marx nach Leipzig übernommen. Für Georg Kinsky ergab sich dort keine Möglichkeit einer Anstellung. Die Stelle des wissenschaftlichen Sammlungsbetreuers bekam Helmut Schultz (siehe Ventzke 1987).